明万历时期，有这样一个人物，官方历史对他的评价极为负面，称之为“市中无赖”“市井恶棍”“奸人”。但当时的日本统治者丰臣秀吉的外交文书则赞他是“猛将”。曾在日本传教的葡萄牙耶稣会士路易斯·弗洛伊斯则称他是“上了年纪的、睿智的、才能甚优、评价极高的游击”。这个人，叫沈惟敬。如果没有壬辰战争，沈惟敬就只会是一介平民，淹没在历史的长河之中。
壬辰战争是日本对朝鲜的侵略战争。在壬辰战争期间及战后，明廷和朝鲜曾先后与日本开展过议和外交。其中在明廷与日本的议和过程中直接充当了官方首席谈判代表角色的，就是沈惟敬。一介平民怎么会登上这样重大的历史舞台？他究竟是什么来历？
明代嘉兴人沈德符在其《万历野获篇》中称沈惟敬为“浙之平湖人”。沈德符自幼生长于北京，和当时的许多士大夫、故家遗老、朝廷显贵及皇亲国戚有较多的交往，熟悉朝廷事务和许多宫廷内幕。了解沈惟敬，是因沈德符家有一个仆人曾经跟着沈惟敬出使日本。同样是嘉兴人的盛枫在《嘉禾征献录》中也明确指出沈惟敬是“平湖人”。更为确凿的是明天启《平湖县志》中有沈坤的传记，称沈惟敬是平湖人沈坤的儿子。
沈惟敬在各种历史记载中出场时都已经是个身躯伟岸、两眼炯炯有神、髯须飘飘的老先生了。《万历野获编》说他“惟敬时年已望七，长髯伟干，顾盼烨然”。刑部尚书萧大亨的《沈惟敬招由疏》留下了关于沈惟敬年龄的可靠记录，他万历二十五年招供“年六十一岁”，据此，沈惟敬的实际出生年龄应该在嘉靖十六年（1537），而他在壬辰战争爆发时应该是五十六岁左右。
对年轻时的沈惟敬的记载不是很多。沈惟敬早年参过军，也参加过嘉靖年间的抗倭战事。有过一首打油诗《沈游击》：“今之沈游击，实乃中行俦。本为邮亭卒，掉舌事遨游。”指沈惟敬从军时是一名驿卒。作为驿卒的沈惟敬经历了后来的“甲寅倭事”，也就是发生在江南地区的大规模的倭寇入侵事件。
明天启《平湖县志》写到了沈惟敬和他父亲沈坤的抗倭事迹——
沈坤居湖之西麓，家颇饶，不为产业计，学文不就去学武。嘉靖间，以门户充役集收银米。遇岁饥，死者相枕，坤悉散家赀并所收银米以疗饥民，官督之，茫无以应，甘罪狱中。会倭寇卒临鹉湖，总督胡公募勇敢之士，闻坤名，出狱留募下，议论颇当胡意。一日，倭战王江泾，我军失利，胡亦被围，坤子惟敬甫弱冠，单骑突围中，挟胡而出，胡益爱重坤。授职千总，部兵三千，父子设计，伪装犒军官，满载药酒，手执公文，经倭营而过，度倭追我将近，父子弃舟度水走。倭得酒，喜甚，争饮，而死者无算。
嘉靖三十四年（1555）五月王江泾之战，胡宗宪被围，沈惟敬那时才十八岁左右，正是初生牛犊不怕虎的年龄，他单骑突围，救出胡宗宪。嘉靖三十五年（1556）以后，平湖境内的倭患基本肃清。沈惟敬因为家道贫落，流入京师。在北京，他也没干正经事，整天烧丹炼药，和一帮术士、无赖混在一起。沈惟敬因此结识了同样热衷于炼丹的袁某。沈惟敬是个极有口才的人，经常绘声绘色地向袁某描绘关于日本的事情。
沈惟敬年轻时有没有去过日本，现在无法考证，据他自己说其父沈坤曾经往来日本做生意，他是跟着去的。但沈惟敬对于日本肯定比一般人更为熟悉些，一则因为年轻时抗过倭，接触过日本人，二则他现在收留了个仆人沈嘉旺。沈嘉旺小时候被抓去日本十八年，后来回来在北京以卖水为生，正好遇到沈惟敬，就投奔了他。两人常常谈论日本的风土人情，正是在沈嘉旺的影响下，沈惟敬加深了对日本的了解。
沈惟敬与袁某的交往改变了自己的下半生。因为，袁某是时任兵部尚书石星的老丈人。
石星当时正焦头烂额。万历二十年（1592），西部是宁夏副总兵哱拜之乱，东部又起了朝鲜战事。“欲安中国，必守朝鲜”，但石星实在不想两边同时开战，为了争取时间征调兵马，石星便想和丰臣秀吉说和。不过，在招募人才时，官员队伍中没有敢于出面的，结果敢于应募的平民沈惟敬得到了石星的任用。石星见到的沈惟敬貌如神仙，神采飞扬，口若悬河，还信誓旦旦地向石星灌输了一套他从沈嘉旺那里听来的理论，说丰臣秀吉的侵略举措是因为通贡中国的愿望被朝鲜所遏，只要写封信问题或许就能解决。石星仿佛找到了救星，毫不犹豫地委任沈惟敬为“神机三营游击将军”。
万历二十年（1592）六月二十九日，沈惟敬带着沈嘉旺和十来个随从到达鸭绿江南岸的重镇义州。此时，明军辽东副总祖承训的先头部队都还没有到，沈惟敬是奉了石星的命令以侦探敌情为名，实际上是想入贼营与日本人讲和。沈惟敬的到来，朝鲜人很失望，因为他们正在积极筹备粮草等着祖承训出兵收复平壤。沈惟敬对朝鲜人声称自己和丰臣秀吉等人很熟悉，他说什么人家都会听。史料上没有记载这次沈惟敬到底有没有去倭营，但这次沈惟敬是无功而返。沈惟敬回到北京没几天，就传来了七月十七日祖承训在平壤战败的消息。
于是，“议和”又提上了日程。八月十七日，沈惟敬又到了义州，随身带着明朝钦赐朝鲜方面的首功赏银，他告诉朝鲜国王自己打算亲自先去探明日方情况，朝廷稍后也将出兵七十万征剿。八月十八日凌晨，沈惟敬离开义州东行，三天后行至釜山院停驻。沈惟敬先派沈嘉旺去日营传谕日军守将小西行长，以圣旨责问：“朝鲜有何亏负于日本，日本如何擅行师旅？”小西行长则派麾下的通事跟着沈嘉旺来沈惟敬处协商面见事宜。八月二十九日，约定时间到了，沈惟敬只带了三四个家丁就赴约了，他之后入平壤日军营中交涉的表现，赢得了丰臣秀吉对他的“猛将”的赞誉。
日军驻扎在平壤城外的乾伏山，当时日军众多，剑戟如雪。沈惟敬下马进入倭阵中，群倭四面围绕。直到太阳快下山了，倭寇们恭恭敬敬地送沈惟敬出来。第二天，小西行长又送来一封信问候，并且感慨：“大人在白刃中颜色不变，虽日本无以加也。”沈惟敬的回答慷慨激昂：“尔不闻唐朝有郭令公者乎？单骑入回纥万军中，曾不畏慑！吾何畏尔也！”
这期间，双方约定停战五十天。沈惟敬这次议和遇到的对手小西行长，也是商人出身，两位商人相遇，自然十分对路，谈起军机大事就如谈生意一样讨价还价。沈惟敬的这次对日交涉在朝鲜人民看来绝对是令人震惊的壮举，成千上万的朝鲜士民争相观看沈惟敬其人，赞叹他“何状男子，做如此事业”！
沈惟敬回到北京，将日方提出的朝贡、领土要求汇报内阁和兵部，经过阁部九卿科道共同商议之后，出了一份《兵部帖》，对日方的要求作出了回应，沈惟敬得以实授“游击将军署都指挥佥事”。
十一月底，沈惟敬带着《兵部帖》又去了平壤的日营，要求日方从朝鲜领土上撤兵，并归还被俘的朝鲜王子及政府官员，然后再允许日本与明朝通商。不过，这次谈判也没有谈出实质性的东西。小西行长以自己无法擅自决定为理由，拒绝了沈惟敬的要求，但表示可以向丰臣秀吉转达归还朝鲜领土的要求。
正当沈惟敬与日本展开议和活动之际，十二月十六日，明朝以兵部右侍郎宋应昌为经略、李如松为总兵官，出动七万大军，祭旗东征，不久渡过大同江，援朝抗倭。沈惟敬和谈返回的路上正好碰到李如松。李如松是个主战派。沈惟敬把日方提出的要求，如愿意退出平壤以西、以大同江和明朝为界等一说，李如松大为恼火，要手下把沈惟敬给拉出去斩了。参谋李应试拦住了李如松，并且献了一计，决定让沈惟敬继续以外交手段麻痹平壤日军，使他们疏于军事防范。
万历二十一年（1593）正月初四，李如松大军到达肃宁馆，日方以为是明朝派的封使到了，派了二十个牙将来迎接，李如松准备把他们都生擒了，结果只抓了三人，其余都逃掉了。日军不知道发生了什么事让明廷变卦，于是派小西行长亲自过来，李如松好言好语把小西行长给忽悠了过去。正月初六，李如松的大军抵达平壤城下，次日，便一鼓作气，攻克了平壤，斩杀倭寇一千五百余人。小西行长败逃王京，明军乘胜追至开城，又斩首倭寇数百。
这次的平壤大捷是援朝战争的首次胜利，极大地鼓舞了中朝军民抗倭的斗志。宋应昌认为这次的胜利沈惟敬的功劳也不小，所以在《叙恢复平壤开城战功疏》中也为沈惟敬请了功，沈惟敬便从游击升到了参将。
万历皇帝朱翊钧也非常高兴，但他同时责令宋应昌督厉将士，尽快收复朝鲜都城王京。
指挥平壤之战的明朝名将李如松的确是个骁勇善战的人。不过，李如松也有个很大的缺陷，那就是骄横轻敌。后来有个朝鲜人向明军汇报说日本人放弃王京跑了。李如松轻易就相信了，带领三千官兵直奔王京，谁料，突然之间日军伏兵四出。由于倭寇是以逸待劳，而且战斗人员大大超出明军，经过惨烈战斗，李如松被迫退回坡州。
听到入朝参战的明军受挫，万历皇帝转而又泄气了，再次把希望寄托在与倭寇的议和上。万历二十一年（1593）四月，沈惟敬第三次被派往日军军营议和。五月底，和谈有了初步的结果。日军退出王京，屯据釜山。七月二十日，日军又从釜山移居西生浦，并放还朝鲜的两位王子及陪臣。同时，日方将派出小西飞（内藤忠俊）跟随沈惟敬前往北京落实议和事宜。当时，丰臣秀吉开出的《大明日本和平条件》，内含苛刻的七条要求。
这次谈判，小西行长作为征战多年的日军将领，非常清楚当时两国的形势，也知道这七条会在中国国内将引起的强烈反应，但他还是向丰臣秀吉汇报说中方答应了他的全部条件；沈惟敬则称丰臣秀吉已同意向明朝称臣，请求封贡，并退出侵朝日军。
以沈惟敬的聪明，不用汇报也知道这七条简直有点丧权辱国，是不可能在朝廷通过的。不过，反正语言不通，朝廷几乎没什么人懂日文，此事就还有处理的余地。回京复命时，沈惟敬隐瞒了议和的七项条款，只说日本人提出了要求封贡的条件。不少大臣都觉得难以相信，觉得其中有诈。不过，万历皇帝此时好像没什么犹豫，一则因为石星对沈惟敬言听计从，二则他自恃是天朝上国之君，而视其他周边小国为夷狄藩属，所以传下谕旨，让日本上表称臣，但不要他们入贡，以防到中国内地再生事端。
万历皇帝针对沈惟敬所说的倭寇请求封贡一事所下的谕旨，给沈惟敬出了一道难题。朝鲜战场那时其实是对峙的局面，但双方统治者都对战事并不特别清楚，都以胜利者自居。丰臣秀吉现在正等待万历皇帝向他上表称臣；万历皇帝也自信是自己天朝上国的神威震慑住了倭寇，要让丰臣秀吉上表称臣。两国的最高统治者，都等着对方先低头。
宋应昌催促沈惟敬要丰臣秀吉的降表。沈惟敬由此走上了不归路。十二月，沈惟敬再次入倭营，游说小西行长、小西飞，三人伪造了一份丰臣秀吉的《关白降表》。万历二十二年（1594）正月下旬，一份精心伪造的丰臣秀吉的降表呈了上来。这是一份毕恭毕敬的降书：把战争责任全部推给了朝鲜；记下了沈惟敬和小西行长在朝鲜的功绩；希望明朝能将他丰臣秀吉册封为藩王。
朝中文武仍有不少人不信，持反对态度，纷纷上疏指出倭欲无厌，倭信难终。力主议和的石星上疏争辩，万历皇帝采纳了石星的意见，一心一意封贡议和，准备封丰臣秀吉为日本国王。三月，改由主和派顾养谦兼理朝鲜事务。顾养谦为了实现对日本进行“封贡”这一目标，又动员朝鲜国王遣使入明为日本请贡。九月十二日，朝鲜国王的奏表送到了北京，请求册封丰臣秀吉以保全危邦。万历皇帝切责了试图阻挠封贡的大臣。十月二十三日，兵部通知日本议和使节小西飞入京，答应册封要求，如果日本方面仍不退兵，则再派军出征。
十二月上旬，小西飞等日本使者到北京。由于两国文字不通，接待、翻译之事又都让沈惟敬参与，使他得以从中周旋。在北京，小西飞推称，日本曾经托朝鲜求封，朝鲜不答应，还杀了日本人，故而才起兵的，并说只要获得册封，便即刻撤军，永不侵犯。经过双方商议，主要达成了三个意见：一是命令日军全部撤出，二是册封但不同意进贡，三是日本不再侵犯朝鲜。小西飞怕议和失败，对明朝提出的要求样样都依从了。于是，朝廷决定向日本派遣册封使团，李宗诚、杨方亨为正副使前往日本封贡。稍后，又敕令沈惟敬随同前往。
万历二十三年（1595）正月，沈惟敬先李宗诚一步前往朝鲜和小西行长具体讨论明朝使团前往日本的事宜。月底，小西行长返回日本向丰臣秀吉报告有关情况。于是，丰臣秀吉下令逐步撤出釜山、金海、熊川等城以外的日军。不久，小西行长营中的将领又和沈惟敬方面商量，在明朝使节前往日本的时候，最好朝鲜方面也派使臣一同前往，这样方便共同完成议和。
不过，朝鲜上上下下都不同意这个提议。没办法，沈惟敬只好专门向朝鲜送去一封措辞严厉的咨文，希望朝鲜派遣二三大臣一起前往日本完成中、朝、日三国和平大事。朝鲜还是不答应。此后，据说是明朝驻朝鲜总兵官刘綎等人分别做了朝鲜方面的工作，终于使得朝鲜勉强同意派遣使者伴随明朝册封使团前往日本。
因为日方谈判负责人小西行长的苦苦相邀，沈惟敬比正式的册封使团早一步到了日本。原因是日本国内出现了不利于和平谈判的种种传言，小西行长希望通过沈惟敬的提早赴日宣示明朝的和谈信用，同时也考虑到册封时的接待礼仪问题，请沈惟敬先去做下指导。
正月十五日，沈惟敬和小西行长等人出发。二月初一抵达名护屋。之后，沈惟敬就留在名护屋打探消息，小西行长则动身去京都向丰臣秀吉汇报和谈进展情况。
但是，此时一件突发事件打乱了整件事情的节奏。
正使李宗诚跑了。按照原定的计划，李宗诚应该在釜山日军营中等待沈惟敬，之后再一同前往日本。李宗诚逃跑这件事有不同的说法，比较靠谱的是：沈惟敬离开以后，李宗诚一直居住在釜山。当时釜山的日军队伍中除了日本人和朝鲜人以外，还有许多被掳掠到日本的中国人。一天，李宗诚见到了两个在日军内部供职的福建人，他们特地来禀报一个可怕的消息：丰臣秀吉并无乞和之心，打算派兵把两位使节抓起来，向大明索取贿赂，再次开战。他们甚至打听到了丰臣秀吉开出的《大明日本和平条件》这七条详细条款，和盘托出。这个消息把李宗诚吓倒了，他惊惧万分，丰臣秀吉这讲和的七个条件，他自认是怎么也完不成这册封使命的。经过一夜的煎熬，李宗诚决定出逃。
李宗诚逃回汉城后，上疏把丰臣秀吉开出的议和条款如实报告给了朝廷。万历皇帝听说以后勃然大怒，既气李宗诚临阵脱逃丢人现眼，又恨日本人出尔反尔。群臣争相上本弹劾，请停封事。此时比皇帝更纠结的是石星。他被沈惟敬拖着在议和的路上回不了头了，他唯一能做的，就是硬着头皮继续为沈惟敬打包票。皇帝最后决定改任杨方亨、沈惟敬为正副册使。另外，无论封事成功与否，都要静观事态的发展，积极备战。日本这边，李宗诚跑掉的时候，小西行长正在返回釜山途中，因为这件事，他不得不返回与沈惟敬商量对策。最终商定沈惟敬暂时不回釜山，直接远赴山城去见丰臣秀吉解释事情原委，小西行长则按原计划启程返回朝鲜。
沈惟敬一行在六月二十三日到达丰臣秀吉居住的伏见城，此后，两人多次会面。丰臣秀吉不仅宴请了沈惟敬，还邀请他登上伏见城天守阁顶，并招待他去海上游玩。沈惟敬等人一直在伏见城逗留到七月下旬。应该说，这个阶段，两人相处甚欢。不久，沈惟敬返回了堺港。八月四日，现任正册封使杨方亨到了堺港。八月十二日，日本京畿地区发生了特大地震，丰臣秀吉居住的伏见城遭到全毁，明朝使节团中也有成员遇难。
八月十八日，朝鲜使团跟随明朝通信使也到了堺港，带着万历皇帝重新颁发的册封诰书、敕书。因为大地震把伏见城毁了，丰臣秀吉将原先预定在伏见城举行的册封典礼场所改到了大阪城。八月二十九日，丰臣秀吉到大阪城，因为朝鲜没有派出王子前来，所以丰臣秀吉不愿意接见朝鲜使臣。九月初一，沈惟敬等人提前到达大阪城。当时场面极为壮观，明朝册封使团扛着“封尔为日本国王”圆字大匾浩浩荡荡从堺港奔赴大阪。
九月初二，册封典礼如期举行。丰臣秀吉在册封典礼上接受了万历皇帝御赐的金印、册书，冠服等物，并行叩跪礼，气氛极为融洽。在场的德川家康等四十多位日本大名也接受了明朝赐予的任命状，又都兴高采烈地穿戴了被赐的冠服。不过，他们都还不知道这些都是都督佥事的品服，明朝皇帝授予他们的是都督佥事一职，官秩为二品。稍后，大阪城内举行了盛大的晚宴，主客尽欢而散。当晚，丰臣秀吉又亲自到沈惟敬寓所表示感谢，沈惟敬又劝他摒弃前嫌，接见朝鲜使臣，但是丰臣秀吉仍然不同意。丰臣秀吉再次把起兵的借口都推到了朝鲜方面，又强调了他不肯接见朝鲜使臣是由于朝鲜轻慢了他。九月初五，丰臣秀吉派人与明朝使者商讨谢恩表文撰写事宜。事毕，沈惟敬致书丰臣秀吉，要求日本撤回全部在朝驻军。丰臣秀吉阅后勃然大怒，下令驱逐使团。九月初九，沈惟敬等人登船准备返航。从史料记载中可以看到，除了提到朝鲜事务，让丰臣秀吉有所不快，一直到沈惟敬致书丰臣秀吉前，双方矛盾都没有恶化。不过，双方议和失败的原因，历来说法不一，流传最广的是《明史》上的记载。根据《明史》记载，丰臣秀吉接受了册封诰命、敕谕以及金印等后，叫相国寺鹿苑院僧承兑宣读诰命和谕书，承兑在高声朗读时，丰臣秀吉一开始便觉得口气不对，原来讲妥的七项条款均未涉及，当他听到谕书中有这样的句子：“……因敕原差游击沈惟敬前去釜山宣谕，尔众尽数归国……封尔平秀吉为日本国王，锡以金印，加以冠服。陪臣以下亦各量授官职，用薄恩赍。仍诏告尔国人，俾奉尔号令，毋得违越。世居尔土，世统尔民……”丰臣秀吉怒不可遏，他夺过敕谕，摔于地下，气呼呼地说道：“不是明帝乞和封我为大明皇帝吗？吾自力可以统治日本，欲为王可自为王，何待异族封王。”至此，封王的假戏真相大白，丰臣秀吉发现被骗，下令驱逐明朝、朝鲜两国使节，并且命令各将领做好准备，要再度出兵朝鲜。明、日议和完全失败。
杨方亨、沈惟敬到日本册封失败后，没有马上回京，而是留在朝鲜釜山。当时，丰臣秀吉虽然愤怒，却还没有马上出兵。在册封结束后，还多次派遣使者到朝鲜，主要就朝鲜方面遣送王子入质日本问题与明朝和朝鲜两国谈判人员多次磋商。当然，沈惟敬和杨方亨都向朝廷隐瞒了真相。杨方亨上疏称丰臣秀吉对天朝册封感激涕零，对待册封使臣始终礼待有加。沈惟敬除了在日本集市上采购了些广东产的猩猩毯、天鹅绒，冒称是丰臣秀吉的贡品外，还单独上了一封揭报，称事情会很快解决。
闻听日本受封恭顺，万历皇帝的虚荣心又一次得到了满足，但是日本在朝鲜的驻军尚未完全撤走，日朝两国间的敌意尚未完全消除，仍然堪忧。于是皇帝下达了几个指示：朝鲜不必派遣王子入质日本，但可以派大臣赴日本与之修好；责成兵部行文丰臣秀吉从釜山撤兵以履原议，且不能再向朝鲜索要王子，以全大信；对马岛原系日本地方，也不许朝鲜妄扰，自蹈起衅之咎；同时通知杨方亨与日本使臣带上谢恩表来京复命，沈惟敬暂留釜山，协调日朝两国关系。
万历二十五年（1597）春正月，朝廷准备派人去朝鲜取丰臣秀吉的谢恩表以验真伪。这次，沈惟敬又伪造了丰臣秀吉的谢恩表。他已经在造伪的这条路上越走越远，回不了头了。此时，朝鲜的告急文书又送到了北京，朝鲜半岛烽火再起。正月中旬，日本二百余艘战船登陆朝鲜南部口岸机张、西生浦，摆开再战朝鲜的架势，直接以武力威胁。半个月后，日军再次入侵的消息传回北京，朝廷为之震动。六天之后，明廷正式决定出兵援朝。至此，明廷基本已经不再寄希望于继续谈判，战略上已经决定对日用兵。三月中旬，杨方亨回抵北京，形势的剧变，迫使他道出册封中的部分实情，历数了沈惟敬的一些欺罔行为，并把议和失败的责任全都推到了沈惟敬身上。不过，因为驻朝日军没有马上开始进攻，故而此时万历皇帝并没有深究主和派主要人物石星、沈惟敬等人的责任。石星仅仅被解除兵部尚书职务，沈惟敬则仍然在朝鲜谈判一线主持他的谈判任务。直到六月，日方明确回复不愿撤兵。盛怒之下，万历皇帝下令将滞留在釜山并已娶一日本女子的沈惟敬捉拿归案。
朝鲜战场上，战斗异常激烈。万历二十六年（1598）正月，皇帝刚获悉明军在蔚山、岛山的战斗中得手，斩俘倭寇千余人，并将其残部围困于岛山石城内，又得报杨镐误听倭寇大军前来救援，仓皇夜遁，使各路明军失去统一指挥，不战自溃，日军乘机追杀，明军又退守王京并丢弃辎重无数，损伤万余人。朝鲜的南海，东西绵延八九百里，都在日军的控制之下，形势对明军十分不利。二月，明军在朝鲜水师的配合下，重创日军精锐小西行长部队，切断了西路日军的海上补给线。
正当中朝联军在军事上节节胜利之时，日本国内的局势发生了重大变化。当年七月九日，丰臣秀吉在日本病死，因其子年纪太小，由外舅德川家康摄政。在权利和财富的分配上，日本统治集团内部的矛盾日深，德川家康为了建立自己的稳固统治，无暇再继续这场侵略战争。前线的日军闻听丰臣秀吉死讯时便已无斗志，及至败退回国后，再也无力卷土重来。
万历二十七年（1599）春天，援朝明军凯旋。
万历二十五年（1597）八月，沈惟敬被从朝鲜遣送回京之后，先是被关押在锦衣卫镇抚司，后来押解到刑部的山东清吏司接受初步审判。
关于沈惟敬的论罪，当时的刑部尚书萧大亨在其《沈惟敬招由疏》中有如下所记——
万历二十年与小西行长合谋诡称丰臣秀吉乞求册封，派小西飞假称日使来朝乞封；与小西行长合谋欺诳朝廷，假说日军分班渡海回巢，影响石星在朝中的决策；捏报日本修盖馆舍未完之事，致使使者羁留两年之久；万历二十四年以册封“演礼”为借口，先行渡海赴日，私带违禁物品交结丰臣秀吉，透露中国虚实情形，馈赠秀吉三百好马；面见丰臣秀吉之时“屈节卑礼”，获得丰臣秀吉的欢心；娶日将阿里马的女儿为妻，为长住日本之计；正使李宗诚逃回后，捏报倭情无变；丰臣秀吉不满于明朝册封之后，沈惟敬又私自接受了丰臣秀吉的馈赠物品；丰臣秀吉派兵继入朝鲜，沈惟敬称日本只是“与朝鲜争礼节”，诡称其仍然恭顺，愿听朝鲜处分；听说石星获罪之后，沈惟敬设谋投倭。
当年十二月，刑部最终定案，对沈惟敬以“谋叛”之罪论处，也就是斩立决。不过，万历皇帝没有批准刑部的斩立决，而是判了“监候处决”。万历二十七年（1599）九月，沈惟敬被处以弃市的刑罚。
沈惟敬在人生的最后几年，其经历之跌宕起伏、遭遇之变化多端着实让人感叹。沈惟敬并非十足的奸人，也许，起初他也只不过是想吹吹牛，表现一下自己，也试图有所作为，只是根本无法预料事情竟会走向如此不可控制，于是，他也只能随波逐流，走一步算一步……如果当时没有沈惟敬，那段历史又会有怎样的改变？